公司设立登记瑕疵原因：
1、公司设立主观瑕疵，是指发起人或股东个人的设立行为中存在的瑕疵，比如发起人或股东没有行为能力或属于行为能力人；
2、公司设立客观瑕疵，是指设立行为本身的瑕疵，比如发起人或股东不足法定人数。
【法律依据】
《中华人民共和国公司法》第一百九十
违反本法规定，虚报注册资本、提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，对虚报注册资本的公司，处以虚报注册资本金额百分之五以上百分之十五以下的罚款；对提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实的公司，处以五万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照。
