员工违规可以扣奖金。
员工违反规章制度，公司依照制度扣绩效工资、奖金，没有违反法律规定，但实际操作中很容易产生争议，并且容易形成克扣工资。如果没有考核制度，用人单位不得随意克扣劳动者的绩效工资。否则属于用人单位克扣工资。
员工擅自离职可以赔偿下列损失：
1、用人单位招收录用其所支付的费用；
2、用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理；
3、对生产、经营和工作造成的直接经济损失；
4、劳动合同约定的其他赔偿费用。
综上所述，用人单位可以制定相关工作制度，如果员工有过错可以扣绩效，并不违法。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第四十条
有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。第四十 用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条 规定支付赔偿金。
